ภาษาญี่ปุ่นมีตัวอักษร 3 ชนิด ได้แก่ ฮิรางานะ คาตากานะ และคันจิ ตัวอักษรฮิรางานะและคาตากานะแสดงเสียง หนึ่งตัวอักษรแทนหนึ่งพยางค์ ส่วนคันจิเป็นตัวอักษรสื่อความหมาย แต่ละตัวใช้แสดงความหมายอย่างใดอย่างหนึ่ง

ฮิระงะนะ (ひらがな)

ใช้เขียนคำของญี่ปุ่นเอง ฮิระงะนะพัฒนามาจากอักษรจีน เริ่มแรกเรียก onnade หรือ มือของผู้หญิง เพราะใช้เขียนโดยผู้หญิงเป็นส่วนใหญ่ ผู้ชายจะเขียนโดยใช้คันจิและคาตาคานะ ประมาณ พ.ศ. 1500 ฮิระงะนะจึงใช้โดยทั่วไป คำว่า ฮิระงะนะ หมายถึง อักษรพยางค์สามัญ รูปแบบแรกๆของฮิระงะนะ มีสัญลักษณ์หลายตัวที่ออกเสียงเหมือนกัน ระบบการเขียนมีความแตกต่างกันขึ้นกับผู้เขียนแต่ละคน รัฐบาลญี่ปุ่นเข้ามาจัดรูปแบบเมื่อ พ.ศ. 2489 จึงกลายเป็นอักษรที่ใช้ในปัจจุบัน

คะตะคะนะ (かたかな)

คะตะกะนะมีสัญลักษณ์ 48 ตัว ในยุคแรกรู้จักในนาม การเขียนของผู้ชาย คะตะกะนะใช้กับคำยืมที่ไม่ได้มาจากภาษาจีนเป็นส่วนใหญ่ รวมทั้งการเลียนเสียง ชื่อจากภาษาอื่น การเขียนโทรเลข และการเน้นคำ (แบบเดียวกับการใช้อักษรตัวใหญ่ในภาษาอังกฤษ) ก่อนหน้านั้นคำยืมทั้งหมดเขียนด้วยคันจิ ใช้ในหลายกรณี ได้แก่
-ใช้เขียนคำที่ยืมมาจากภาษาต่างประเทศ ชื่อชาวต่างประเทศ และชื่อสถานที่ในต่างประเทศซึ่งเป็นวิสามานยนาม เช่น ホテル (โฮะเตะรุ หรือ Hotel)
-ใช้เขียนคำซึ่งเลียนเสียงในธรรมชาติ เช่น ワン ワン (วัง วัง เสียงเห่าของสุนัข)
-ใช้เขียนชื่อญี่ปุ่น (和名) ของสัตว์และแร่ธาตุ เช่น カルシウム (คารุซิอุมุ หรือ แคลเซียม)
-ใช้ในเอกสารใช้ยุคก่อนสงครามโลกครั้งที่สอง (ใช้ร่วมกับตัวอักษรคันจิ)
-ใช้ในโทรเลข และระบบคอมพิวเตอร์ในช่วงก่อนเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2531 ซึ่งยังไม่มีการใช้ระบบตัวอักษรหลายไบต์ (เช่น ยูนิโคด)

คันจิ (漢字)

คันจิ (ญี่ปุ่น: 漢字 Kanji ) เป็นอักษรจีนที่ใช้ในระบบการเขียนภาษาญี่ปุ่นในปัจจุบัน จัดอยู่ในประเภทอักษรคำ (Logograms) ใช้ร่วมกับตัวอักษร อีก 4 ประเภท ได้แก่ ฮิรางานะ (ひらがな, 平仮名 Hiragana) คะตาคานะ (カタカナ, 片仮名 Katakana) โรมะจิ (ローマ字 Rōmaji) และตัวเลขอารบิก

คำว่า "คันจิ" หากอ่านตามเสียงภาษาจีนกลางจะอ่านว่า "ฮั่นจื้อ" มีความหมายว่า ตัวอักษรของชาวฮั่น อันเป็นชนส่วนใหญ่ของประเทศจีน คำว่าภาษาจีนในภาษาจีนเอง ก็เรียกว่า ภาษาฮั่น (ภาษาจีนกลาง: 漢語, hànyǔ) เช่นกัน

เนื่องจากอักษรคันจิคืออักษรจีนที่นำมาใช้ในภาษาญี่ปุ่น อักษรคันจิหนึ่งจึงตัวอาจอ่านได้หลายแบบ อาจถึงสิบแบบหรือมากกว่านั้น ขึ้นอยู่กับรูปประโยค เป็นคำประสม หรือตำแหน่งคำในประโยคนั้นๆ การอ่านออกเสียงตัวอักษรคันจินั้นแบ่งออกเป็น 2 ประเภทคือ
1. เสียงอง (ญี่ปุ่น: 音読み on'yomi ?) แปลว่า อ่านเอาเสียง เป็นการออกเสียงคันจิของคำนั้นตามเสียงภาษาจีน
2. เสียงคุน (ญี่ปุ่น: 訓読み kun'yomi ?) แปลว่า อ่านเอาความหมาย เป็นการออกเสียงคันจิของคำนั้นในภาษาญี่ปุ่น